Tim Kakashi yang mendapat misi penyelamatan Gaara langsung berangkat menuju Sunagakure. Mereka berangkat terburu-buru dan bertemu Temari yang langsung ikut bersama mereka. Setelah sampai di Suna, mereka mendapati Kankuro terkena racun mematikan oleh Sasori. Para ninja medis sudah menyerah kepada kondisi Kankuro mendapat berkah ketika tim Kakashi datang dan Sakura berhasil mentralisir racun yang ada di dalam tubuh Kankuro. Mereka lalu mencari keberadaan Akatsuki ditemani oleh nenek Chiyo. Ditengah-tengah perjalanan mereka dicegat oleh Itachi Uchiha. Pertarungan pun tidak bisa dihindarkan. Setelah mereka berhasil mengatasinya, akhirnya Naruto berhasil sampai ke persembunyian Akatsuki dan menerobos masuk. Tubuh Gaara yang sudah mati dibawa kabur oleh Deidara, salah satu anggota Akatsuki.[1][2]
Naruto dan Kakashi mengejar Deidara, sementara Chiyo dan Sakura menghadapi Sasori.Sasori berhasil dikalahkan oleh Nenak Chiyo dan Sakura.Dia mati dengan cara ditusuk jantungnya oleh pedang yang di tusukkan oleh ke-2 orang tuanya(boneka).Naruto dan Kakashi lalu mengejar Deidara yang menaiki burung tanah liat membawa Gaara. Kakashi akhirnya berhasil memojokkan Deidara dengan menggunakan Mangekyou Sharingan miliknya.[3] Naruto dengan segera menghajar Deidara habis-habisan, tetapi dia berhasil lolos. Tim Guy yang akhirnya bisa menyusul berhasil memojokkan deidara untuk kedua kalinya. Deidara yang kehabisan akal lalu meledakkan dirinya, yang ternyata klon tanah liat dan melarikan diri.[4] Gaara yang sudah tidak terselamatkan, dihidupkan kembali oleh nenek Chiyo, dengan ganti nyawanya sendiri. Dan setelah Gaara hidup kembali semua ninja Sunapun datang untuk menyusul Naruto, Kakashi, dan Sakura
Sesudah itu pencarian SasukeSetelah pertempuran melelahkan melawan dua anggota Akatsuki, Naruto dkk. kembali ke Konoha. Kakashi yang tidak bisa bergerak akibat menggunakan Mangekyou Sharingan dirawat di rumah sakit dan digantikan sementara oleh juniornya, Yamato. Yamato, Naruto, dan Sakura menjadi tim baru, dan membutuhkan 1 orang lagi. Ternyata satu orang tersebut adalah Sai, yang pernah menyerang Naruto.[6] Baik naruto maupun sakura tidak menyukainya karena mulutnya yang kasar dan sikap tidak berperasaannya. Tim Yamato lalu diberi misi untuk melakukan kontak dengan mata-mata Sasori di Jembatan Tenchikyou. Dalam perjalanan Naruto dan Sai terus bertengkar, keadaan ini diperburuk dengan insiden pemukulan oleh sakura.[7] Yamato yang kesal karena tidak adanya kerjasama tim mengurung mereka bertiga dengan jutsunya, agar mereka akrab satu sama lain. [8]Akhirnya mereka sampai di jembatan. [9]
Tetapi penyamaran Yamato terbongkar[10] dan terjadilah pertarungan antara Kabuto dan Orochimaru melawan tim Yamato.[11] Naruto yang dilanda amarah melepaskan kekuatan kyuubihingga ekor 4. [12][13][14]Kekuatannya yang dahsyat membuat Orochimaru yang sudah sembuh kewalahan. Akhirnya Orochimaru mundur bersama Kabuto dan Sai yang berkhianat. Naruto yang masih mengamuk akhirnya berhasil ditenangkan oleh Yamato menggunakan kekuatan pohon miliknya. Naruto yang sudah sadar dinasihati oleh Yamato agar jangan terlalu bergantung pada kekuatan Kyuubi.[15] Mereka lalu meneruskan perjalanan dan menemukan buku harian Sai yang agak aneh.[16] Setelah mereka sampai ke persembunyian Orochimaru, mereka dihadang oleh Kabuto. Tanpa diduga, Sai membantu tim Yamato karena tergugah dengan ikatan antara Naruto dan Sasuke.[17] Mereka lalu mencari Sasuke. Naruto bersama sai malah bertemu dengan Orochimaru, dan Naruto menyuruh Sai (yang misi utamanya adalah membunuh Sasuke) untuk mencari Sasuke. Setelah bertemu Sasuke, Sasuke malah menyerang Sai dan mengatakan pada Naruto bahwa diantara mereka sudah tidak ada ikatan.[18] Orochimaru lalu menyuruh Sasuke dan Kabuto untuk menyingkir sementara waktu.[19]
Lalu Konfrontasi Akatsuki
Setelah Naruto kembali dari persembunyian Orochimaru, dia menemui Kakashi di rumah sakit. Dia lalu diberi tahu bahwa dia bisa menjadi ninja yang amat kuat dengan metode latihan yang diberikan Kakashi.[20] Dilain pihak, dua orang Akatsuki bernamaHidan dan Kakuzu menyerang kuil api desa Konoha dan menghabisi hampir semua pendeta disana. Naruto yang tidak tahu-menahu hal tersebut meneruskan latihannya. Pertama-tama dia harus bisa memotong daun menggunakan chakra miliknya. Setelah berhasil, dia lalu diberi ujian memotong air terjun yang dibuat oleh Yamato. Tidak berapa lama, dia mendengar berita kematian Asuma dan bertekad menjadi lebih kuat lagi dan menyelesaikan latihannya.
Naruto lalu memasuki tahap akhir latihan, memasukkan chakra angin miliknya kedalam rasengan. Awalnya dia kesulitan memasukkannya. Dia lalu menggunakan kagebunshin untuk membantunya memasukkan chakra miliknya. Setelah berhasil, dia lalu berangkat membantu tim Kakashi, Shikamaru, Chouji dan Ino menghadapi Hidan dan Kakuzu. Pertama-tama Naruto kesulitan mengenai musuhnya dengan rasenshuriken, jurus barunya karena putarannya yang melemah sebelum sampai ke musuh.[21] Setelah tubuh asli naruto ikut dalam jebakan,akhirnya dia berhasil mengenai Kakuzu dan membuatnya terkapar. Kakuzu akhirnya dihabisi oleh Kakashi. Kakashi mengatakan kalau Naruto benar-benar melampauinya dan penyebab tekadnya ialah keinginannya untuk menjadi lebih kuat dari Sasuke dan mengembalikannya ke Konoha.[22]
Setelah mengetahui tujuan Sasuke yang sebenarnya, Naruto bertekad untuk menemui Itachi, berharap bertemu kembali dengan Sasuke kembali.
Saat ini, Naruto dalam misi mencari Sasuke dan mengembalikannya lagi, tanpa disangka, salah satu klon bayangan yang dilepaskan oleh Naruto berhasil menemukannya, tetapi segera dihancurkan oleh Chidori Sasuke. Naruto yang akhirnya menemukan teman lamanya, bergegas menuju kesana, tetapi dihadang oleh Tobi. Naruto segera menyerang Tobi dengan Rasengan, tetapi yang diserang sepertinya tidak terpengaruh sama sekali.[23]
Sasuke VS Orochimaru
Setelah Naruto mengalahkan Kakuzu, sempat diperlihatkan ada ninja-ninja berjatuhan dan ditengah tengah para ninja diperlihatkan Sasuke sedang duduk dan berbicara bersama Orochimaru. Orochimaru berkata Sasuke masih memiliki belas kasihan karena tidak membunuh para ninja-ninja tersebut. Namun Sasuke dengan tenang menanggapi kata-kata orochimaru dengan berkata bahwa ninja-ninja tersebut bukan yang ingin dia bunuh. dan setelah itu disorot kembali ke Naruto dan Sakura sedang berbincang-bincang di Ichiraku Ramen. Naruto mengalami sedikit cedera tangan akibat terlalu banyak memakai Rasenshuriken. lalu mereka berdua jadi mengenang masa lalu. Kembali kepada Sasuke dan Orochimaru, saat Kabuto sedang berbicara pada Orochimaru bahwa tubuh itu tidak bisa menahannya begitu lama, setelah Kabuto meninggalkan Orochimaru sejenak mendadak Sasuke datang menjebol pintu Orochimaru dan menyerang Orochimaru secara tiba-tiba. Sasuke menjelaskan bahwa sudah tidak ada yang bisa didapati lagi dari Orochimaru sebab Orochimaru lebih lemah daripada dia yang sekarang dan akhirnya dengan pedang kusanagi dan pedang listrik milik sasuke tersebut menghunus Orochimaru dan tubuh Orochimaru pun tewas. namun ternyata Orochimaru menunjukkan wujudnya yang sesungguhnya yaitu wujud ular. Sasuke pun menghadapi Orochimaru dengan sungguh-sungguh dan menggunakan joutai 2nya. tiba-tiba Orochimaru terkenang masa lalu dan mengingat saat kematian kedua orang tuanya dan Orochimaru mengambil tubuh Sasuke dalam tubuh Orochimaru ada dimensi lain yang digunakan untuk mengambil tubuh orang lain. hal ini pernah terjadi pada Itachi namun Orochimaru gagal mendapatkannya karena sharingan Itachi yang terlalu kuat. Setelah itu, ular tersebut memuntahkan tubuh Sasuke. Masih dipertanyakan apakah itu Sasuke atau Orochimaru. Namun ternyata itu adalah Sasuke yang berhasil lolos dari Orochimaru dengan menggunakan sharingannya.
Pencarian Itachi
Sasuke berjalan ke laborotarium Orochimaru dan membebaskan satu eksperimen yang bernama Suigetsu. Lalu sasuke dan Suigetsu pergi untuk mengambil pedang Zabuza. Mereka pergi ke penjara milik Orochimaru yang dijaga oleh Karin, setelah Sasuke menyuruh Suigetsu untuk membebaskan para tawanan, lalu Karin pergi bersama Sasuke dan suigetsu. sasuke sedang mencari satu orang lagi untuk diajak bergabung dengan teamnya, yang bertujuan untuk membunuh Itachi. satu orang lagi tersebut diperkirakan Juugo. Juugo keras kepala dan menyerang Sasuke dengan joutai 2 nya. Dia mengubah tangannya menjadi besar dan menyerang Sasuke namun ditahan oleh sayap milik Sasuke, Suigetsu datang dan bertarung melawan Juugo. Juugo mengubah tangannya mnjadi kapak dan menghadapi pedang Zanbato milik Suigetsu (yg dulunya milik Zabuza). Tiba-tiba Sasuke mengeluarkan dua ular dan berkata "bagaimana kalau aku membunuh kalian berdua". Mereka berdua berhenti bertarung. Juugo menjadi ketakutan dan berkata "kunci pintunya !! Aku tidak ingin membunuh lagiii!!". saat Sasuke mau menenangkan hati Juugo.. Karin menjelaskan bahwa hanya Kimimaro yang dapat menenangkan hati Juugo. Hanya Kimimaro yang berhasil melawan juugo tanpa terluka. Akhirnya ketika juugo mengetahui bahwa orang yang mengajaknya bergabung itu Uchiha Sasuke. Sasuke menjelaskan bahwa nama timnya "Hebi" yg artinya ular. Tujuan utamanya adalah "Uchiha Itachi." Masing-masing punya tujuan tersendiri. Sasuke bertujuan membunuh Itachi. Suigetsu bertujuan mendapatkan Samehada yg merupakan pedang milik Kisame. Karin bertujuan untuk bersama dengan Sasuke dan membantu Sasuke. Juugo bertujuan untuk melihat seberapa kuat Shinobi seperti Sasuke dan disisi lain Naruto yang mengetahui Sasuke telah mengalahkan Orochimaru juga berniat mengejar Itachi untuk bisa mengetahui tentang Sasuke. Saat itu disorot potongan Itachi sedang berdiri disuatu tebing bersama Kisame sambil memandangi hujan dan berkata "nampaknya akan ada badai". Sementara itu, di markas Akatsuki anggota yang tersisa memutuskan untuk mencari Naruto langsung dan membereskan mereka. Karena ketua Akatsuki melihat kalau ninja dari Konoha merupakan ancaman serius bagi mereka, belum lagi pleton Sasuke yang mengincar Itachi. Mereka lalu bergerak berempat sekaligus untuk mencegah hal yang terjadi pada Hidan dan Kakuzu tidak terulang. Naruto yang sudah ingin segera menghabisi Itachi lalu diberi misi bersama tim barunya yang berjumlah 8 orang. Mereka diberi misi menangkap dan menginterogasi Itachi Uchiha. Tim tersebut berisikan Kakashi Hatake, Yamato, Sakura Haruno, Naruto Uzumaki, Sai, Kiba Inuzuka, Shino Aburame dan Hinata Hyuga. Akhirnya mereka saling bunuh. Sasuke bertemu dengan Obito dan Deidara. Sedangkan Naruto tanpa diduga bertemu Kabuto yang juga tak disangka-sangka memberinya informasi. Dia lalu menunjukkan setengah wajahnya yang katanya sudah diintegrasikan dengan jiwa Orochimaru. Sasuke yang telah bertemu dengan deidara pun melakukan pertarungan tingkat tinggi. Deidara mengeluarkan sebuah jurus rahasianya yang ia katakan hanya ia pakai sat ia melawan itachi. Deidara memakan tanah liat miliknya dan membuat replika tubuhnya. Sasuke yang melihat replika itu menyangka itu adalah bom besar, tapi ternyata itu adalah suatu bom yang membuat benda di sekitar daerah itu menjadi lenyap berkeping-keping. Sasuke yang sudah membaca jurus itu membuat duplikat seolah-olah ia terkena jurus itu. lalu ketika Deidara terkagum karena telah mengalahkan Sasuke, tapi serangan mendadak langsung dilancarkan oleh Sasuke. Pertarungan mereka diakhiri dengan sebuah ledakan bunuh diri oleh Deidara. Naruto, kelompok Naruto dan juga anggota Akatsuki lainnya merasakan kekuatan dari chakra Deidara, Naruto dan kelompok lainnya segera menuju tempat ledakan itu. Suigetsu mengeluarkan gulungan yang bergambar ular seketika keluarlah Manda yang terkena genjutsu oleh Sasuke
